Родился 1 сентября 1960 года  в Иркутске. В 1977 году поступил на исторический факультет Иркутского Государственного университета им. А. Жданова. По окончании университета преподавал в институте и поступил в аспирантуру Новосибирского государственного университета, однако в 1983 году, по собственному желанию, оставил преподавание в институте и был принят в церковный хор Знаменского кафедрального собора Иркутска.
В 1984 году совмещал послушание иподиакона архиепископа Иркутского и Читинского Ювеналия и директора свечного завода Иркутского епархиального управления. В сентябре 1985 года поступил в Ленинградскую духовную семинарию, а в 1988 году в Ленинградскую духовную академию.
В декабре 1989 года по благословению митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, будущего Святейшего Патриарха, был направлен в Курскую епархию, где 30 марта 1990 года был пострижен в монахи с именем Иоанн. В 1990 году был рукоположен в сан диакона, а затем в сан пресвитера.
В июне 1990 г. назначен ректором возрождающегося Курского духовного училища и возведен в сан игумена, а в декабре 1991 г. в связи с преобразованием училища в духовную семинарию был назначен ректором Курской духовной семинарии. В 1993 г. возведен в сан архимандрита.
Решением Священного Синода от 4 апреля 1993 г. рукоположен в сан епископа с титулом Белгородский.
По решению Архиерейского Собора 1994 г. назначен председателем Рабочей группы по планированию возрождения православной миссии на канонической территории Русской Православной Церкви. 18 июля 1995 г. определением Священного Синода в связи с образованием Белгородско-Старооскольской епархии был назначен епископом Белгородским и Старооскольским.
По решению Священного Синода от 26 декабря 1995 г. назначен председателем новообразованного Миссионерского отдела Русской Православной Церкви. 18 февраля 1999 года возведен в сан архиепископа.
Является действительным членом-академиком Петровской академии наук, Международной Кирилло-Мефодиевской академии славянского просвещения, а также почетным профессором Белгородского государственного университета.
С 22 марта 2011 года член Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.