Родился в 1952 году в Москве. В 1973 году окончил Московский государственный институт международных отношений. Доктор исторических наук (1989, тема диссертации — «Парламентская демократия и политическая традиция Востока»).
Длительное время работал в Институте востоковедения РАН. Первоначально специализировался на изучении вопросов политической истории Таиланда, парламентаризма в странах Востока. В настоящее время занимается проблемами религиеведения и истории России.
Профессор кафедры «Религиоведения, философии и вероучительных дисциплин» Философско-богословского факультета Российского православного института св. Иоанна Богослова. Профессор кафедры философии МГИМО (у). Генеральный директор Центра «Церковь и Международные отношения» МГИМО.
Андрей Борисович Зубов — ответственный редактор двухтомника «История России. XX век. Член редколлегии журналов «Континент», «Полис» и  «Полития».